Fransa’nın yerel liglerinde forma giyerken Lyon tarafından keşfedilen Kanoute, profesyonel kariyerine de yine Lyon formasıyla 1997 yılında başladı. 2000 yazından Premier Lig ekiplerinden West Ham’a imza atan Malili golcü, 3 yıl burada forma giydi. Sonrasında bir diğer Ada ekibi Tottenham’a katılan Kanoute, 2005 yaz transfer döneminde Sevilla ile sözleşme imzaladı. Burada Brezilyalı forvet Luis Fabiano ile güzel bir uyum yakalayan Fabiano, kazanılan UEFA şampiyonluklarında büyük pay sahibi oldu.
Profesyonel kariyerini 2013 yılında Çin ekibi Beijing Guoan’da sonlandıran Frederic Kanoute, şu anda spor yöneticiliği ve futbolcu gelişimi alanında hizmet veren ve 2015 yılında kurduğu ’12 MANagement’ şirketinin CEO’su.
